Bonnes pratiques


Vous trouverez toutes les informations
décrivant les espaces de stockage sur cette page :

Afin de naviguer plus facilement dans les partitions, nous vous invitons à créér des raccourcis grace à des liens symboliques, par exemple :

$ ln -s /SCRATCH-BIRD/users/<login>/ /home/<login>/scratch
$ ln -s /LAB-DATA/BiRD/users/<login> /home/<login>/data

 

ATTENTION : Les HOME (/home/<login>) ne sont prévus que pour accueillir les fichiers de configuration (.bashrc, .gitconfig, etc...). Un quota d'1Go est appliqué sur ces dossiers. 

 

Installation de conda

Les installation de conda doivent se faire sur la partition /CONDAS, dans votre espace (/CONDAS/users/<login>).

1. Télécharger un installateur de conda (Ex : Minconda)

# Déplacement dans l'espace personnel /CONDAS
cd /CONDAS/users/<login>

# Télécharger un installeur via wget
wget "https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh"

2. Installer Conda dans /CONDAS

# Installer conda
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# 1-Accepter la licence
# 2-Définir le chemin d'installation dans /CONDAS/users/<login>/miniconda3
# 3-Lui demander d'initialiser le shell

 

Documentation :

https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-environments.html#cloning-an-environment

https://www.anaconda.com/blog/moving-conda-environments

 

Installation des packages R

Les packages R doivent être réinstallés dans votre partition /LAB-DATA/BiRD/users/<login>.

Les packages peuvent être installés dans différents répertoires en spécifiant leurs chemins via l'option "lib":

install.packages(..., lib="/LAB-DATA/BiRD/users/<login>/R")

La variable ".libPaths" doit ensuite être mise à jour pour prendre en compte le nouveau répértoire d'installation:

.libPaths( c( "/LAB-DATA/BiRD/users/<login>/R" , .libPaths() ) )

liens utiles:

https://www.accelebrate.com/library/how-to-articles/r-rstudio-library

https://www.rdocumentation.org/packages/utils/versions/3.6.2/topics/install.packages

https://www.rdocumentation.org/packages/base/versions/3.6.2/topics/libPaths