Bonnes pratiques
Vous trouverez toutes les informations décrivant les espaces de stockage sur cette page :
Afin de naviguer plus facilement dans les partitions, nous vous invitons à créér des raccourcis grace à des liens symboliques, par exemple :
$ ln -s /SCRATCH-BIRD/users/<login>/ /home/<login>/scratch
$ ln -s /LAB-DATA/BiRD/users/<login> /home/<login>/data
ATTENTION : Les HOME (/home/<login>) ne sont prévus que pour accueillir les fichiers de configuration (.bashrc, .gitconfig, etc...). Un quota d'1Go est appliqué sur ces dossiers.
Installation de conda
Les installation de conda doivent se faire sur la partition /CONDAS, soit dans votre espace (/CONDAS/users/<login>), soit dans celui de votre équipe (/CONDAS/shares/<path/to/team>).
1. Télécharger un installateur de conda (Ex : Miniconda3 ou Miniforge3)
Remarque : il est fortement recommandé d’utiliser Mamba sur Bird comme sur les exemples ci-dessous. Mamba est une ré-écriture de conda qui fonctionne bien plus rapidement que ce dernier.
# Déplacement dans l'espace personnel /CONDAS
cd /CONDAS/users/<login>
# Télécharger un installeur via wget
wget "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh"2. Installer Mamba dans /CONDAS
# Installer mamba
sh Miniforge3-Linux-x86_64.sh
# 1-Accepter la licence
# 2-Définir le chemin d'installation dans /CONDAS/users/<login>/miniforge3
# 3-Lui demander d'initialiser le shell
Documentation :
https://mamba.readthedocs.io/en/latest/index.html
https://www.anaconda.com/blog/moving-conda-environments
Installation des packages R
Autant que faire se peut, il est recommandé d’utiliser des environnements conda/mamba pour l’installation de packages R. Si vous souhaitez cependant installer des packages R en dehors d’un environnement, les packages doivent être réinstallés dans votre partition /LAB-DATA/BiRD/users/<login>.
Les packages peuvent être installés dans différents répertoires en spécifiant leurs chemins via l'option "lib":
install.packages(..., lib="/LAB-DATA/BiRD/users/<login>/R")La variable ".libPaths" doit ensuite être mise à jour pour prendre en compte le nouveau répértoire d'installation:
.libPaths( c( "/LAB-DATA/BiRD/users/<login>/R" , .libPaths() ) )liens utiles:
https://www.accelebrate.com/library/how-to-articles/r-rstudio-library
https://www.rdocumentation.org/packages/utils/versions/3.6.2/topics/install.packages
https://www.rdocumentation.org/packages/base/versions/3.6.2/topics/libPaths