Bonnes pratiques
Vous trouverez toutes les informations décrivant les espaces de stockage sur cette page :
Afin de naviguer plus facilement dans les partitions, nous vous invitons à créér des raccourcis grace à des liens symboliques, par exemple :
$ ln -s /SCRATCH-BIRD/users/<login>/ /home/<login>/scratch
$ ln -s /LAB-DATA/BiRD/users/<login> /home/<login>/data
ATTENTION : Les HOME (/home/<login>) ne sont prévus que pour accueillir les fichiers de configuration (.bashrc, .gitconfig, etc...). Un quota d'1Go est appliqué sur ces dossiers.
L'installation de conda et de R, ainsi que le dépot de données pérennes devront se faire sur LAB-DATA.
Installation de conda
Les installation de conda doivent se faire sur la partition LAB-DATA
Par exemple :
# Installer conda
# !! Ne pas oublier de lui dire d'installer dans /LAB-DATA/BiRD/users/charpentier-e1/anaconda3
# !! Lui demander d'initialiser le shell
sh Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh
Documentation :
https://www.anaconda.com/blog/moving-conda-environments
Installation des packages R
Les packages R doivent être réinstallés dans votre partition /LAB-DATA/BiRD/users/<login>.
Les packages peuvent être installés dans différents répertoires en spécifiant leurs chemins via l'option "lib":
install.packages(..., lib="/LAB-DATA/BiRD/users/<login>/R")La variable ".libPaths" doit ensuite être mise à jour pour prendre en compte le nouveau répértoire d'installation:
.libPaths( c( "/LAB-DATA/BiRD/users/<login>/R" , .libPaths() ) )liens utiles:
https://www.accelebrate.com/library/how-to-articles/r-rstudio-library
https://www.rdocumentation.org/packages/utils/versions/3.6.2/topics/install.packages
https://www.rdocumentation.org/packages/base/versions/3.6.2/topics/libPaths